【pubmed数据库入口】GEO数据库--检索界面及检索结果简介

2018-12-10 14:52:55 pubmed数据库 82 views pubmed数据库
[导读]:本文(《GEO数据库--检索界面及检索结果简介》)由来自乌鲁木齐的合作伙伴投稿,并经由本站(数据库吧)结合主题:pubmed数据库入口,收集整理了众多资料而成。主要记述了pubmed,geo,大数据,数据库,数据检索等方面的信息。相信从本文您一定可以获得自己所需要的!

GEO数据库--检索界面及检索结果简介

1、首先GEO数据库是个什么鬼呢?

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。

WoW介么厉害,关键是这个数据是免费的!免费的!免费的!重要的事说三遍。这么想一想世界还是很美好的。

2、那GEO数据库有哪些检索入口呢?

接下来咱们就进入正题。PS:前方多图预警

1、GEO数据库最常用的入口当然是PUBMED入口啦,简单粗暴。

【pubmed数据库入口】GEO数据库--检索界面及检索结果简介

2、那么首先我们先来介绍一下数据库检索界面的基本信息:

和pubmed一样,GEO数据库界面主要包括检索框、检索结果列表、检索结果限定选项、检索记录信息,等(点开大图有惊喜)

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上图左侧就是检索结果限定选项,想要准确地找到需要的数据,限定条件很重要哦~

2.1限定数据记录类型:首先数据导入类型主要分为四种:datasets、series、samples和platforms,可根据自己的需要选择,最常用的是series数据集显示格式

【pubmed数据库入口】GEO数据库--检索界面及检索结果简介

2.2限定检测类型:要注意的是不同的实验检测类型不一样,比如DNA、mRNA、SNP、甲基化等等,在检索时就要结合自己的实验设计选择相应的检测类型。

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2.3限定作者:当想要检索某一个具体研究者发表的文章相应的数据资料时,就可以在这里ADD作者的名字来精确检索啦。

【pubmed数据库入口】GEO数据库--检索界面及检索结果简介

2.4限定物种来源:在选择限定条件时,还有很重要的一项就是选择检测样本的物种来源,比如人、小鼠、家兔、犬等等。

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2.5限定层次类型:除了不同的物种外,如果想要查找某一层面基因表达的数据时,比如组织、细胞等等,在这里ADD想要的type就行。

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3、那接下来我们就以关键词为endometriosis,筛选条件为series 检测类型为expression profilingby arry 物种为homo sapiens 为例简单介绍一下检索结果界面的解读。

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看到这个检索结果页面是不是觉得还是无从下手呢?不要急,下面几张图告诉你原来真的 so easy

下面是检索结果列表的基本信息

下面是检索结果列表的基本信息

好啦,这次就说这么多了,下次我们再来谈一谈

好啦,这次就说这么多了,下次我们再来谈一谈

好啦,这次就说这么多了,下次我们再来谈一谈

好啦,这次就说这么多了,下次我们再来谈一谈GEO数据的组织方式和具体含义。

(写不出来了,我得自己先去再好好学一学(>_

pubmed数据库入口视频

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相关问答

问:pubmed数据库 怎么查询中文数据

答:PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务,MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。
PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物 学数据,序列中心的数据等等。
PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。


问:pubmed数据库中怎么看一篇文章的作者,题目,杂志,期,卷,页码啊 比如图片上那篇

答:下载或者打开全文pdf就有了呀。杂志名和页码,期,卷,都在上下脚标。题目就是你这里的大字,CD19啥啥的,作者是下面那一排人名,这个截图看不清...如果没有特殊标注共同的话,第一个就是一做,最后的and后面的是通讯。


问:pubmed数据库常用的检索字段及其标识符是什么

答:AB 摘要AD 第一作者的研究机构和通讯地址ALL 除音译提名及出版国家之外的所有字段  AU 作者 CN 合作者 DP 文章出版日期 EDAT 文章录入PUBMED的日期 1AU 第一作者 FAU 作者全称 GR 资金资助号、合同号或由美国国家卫生研究院财政支持项目 LA 文章出版语种 LASTAU 最后一位作者,责任作者 MH NLM受控词汇 PL 出版国家 PS 人名作为文章的主题词 PT 文章出版类型 RN 酶号或化学物质登记号 SB 子集 SI 第二来源标示符 TA 期刊全称、简称、ISSN.号 TI 文章英文题目 TIAB 题目/文摘 TT 音译题目 TW 自由文本次 VI 期刊卷PA 药理作用主题词


问:pubmed数据库这些表示什么?

答:PubMed数据库有很多生物医学方面的文献,有的可以直接下载,有的不能下载但是能看到摘要和作者信息


问:如何在pubmed数据库检索到sci文章

答:在浏览器中输入【pubmed】,打开pubmed网页。
进入到【pubmed】官网首页后,在搜索框中输入关键词,点击【search】进行查找。
我们在左边的工具栏中进行选择,以便缩小范围方便查找。
论文下面如果出现【Free article】,则表示该文献是免费下载使用的;其他情况,则需要购买服务。
如果需要下载例如文献3,则点击3的标题,进入文章的主页面。
6
点击【Full text links】按钮,再点击【article tools】,再点击【Download Pdf】进行下载。


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